Instituce je s Invalidovnou významně spjata - Vojenské muzeum a archiv zde sídlil již před druhou světovou válkou a poté opět od roku 1946 až do stěhování do nově vybudovaného archivu v bývalém vojenském gymnáziu.

Řada archiválií Vojenského ústavu byla poničena povodní v roce 2002, která ničivě zasáhla pražský Karlín. Více informací o snahách o záchranu archiválií naleznete zde: http://www.vuapraha.cz/node/15.